Teologická fakulta byla do svazku Univerzity Palackého v Olomouci opět začleněna po čtyřiceti letech totalitním režimem vynucené pauzy v říjnu 1990. Původní název Cyrilometodějská bohoslovecká fakulta byl v roce 1992 změněn na Cyrilometodějská teologická fakulta. Zároveň se rozšířilo její poslání. Vedle přípravy bohoslovců na jejich kněžské působení zde mohou posluchači studovat v dalších bakalářských i magisterských studijních programech, v doktorském studijním programu a realizuje se zde také celoživotní vzdělávání.